建筑工程系员工分会是按学院团委的要求，由系团总支组织，且在系团总支的指导下，员工管理自己的群众性组织，是系部联系员工的桥梁和纽带。建筑工程系员工分会共设立主席团、办公室、学宣部、生活部、文娱部、外联部、体育部和科技部八个部门。
建筑工程系青年志愿者服务分队是一支由校团委领导、系部指导的队伍，由组织部、外联部、宣传部、秘书部、手语部、礼仪部六个部门组成。秉承“奉献 友爱 互助 进步”的宗旨，组织本服务分队的志愿者参加校内外的志愿活动。
建筑工程系自律委，一个为同学提供服务的组织，一个替员工维护权益的组织，一个关爱同学、关爱他人的组织，一个让同学畅所欲言的平台。
建筑工程系团总支注重抓好员工的思想教育工作，坚持以人为本，不断创新工作思路。一方面以学校不同时期的工作重点为依托，及时安排、精心策划、周密组织健康有益、丰富多彩的课外活动，广泛深入地配合学校开展工作，促进学校的精神文明建设。另一方面加强本系与其他系及其他院校和企事业单位的联系，为广大同学全面发展、健康成长创造良好条件。
建筑工程系党支部前身为工程技术系党支部，成立于2006年，由全系师生党员组成。在中国共产党建党90周年之际，系党支部荣获“肇庆市先进基层党组织”荣誉称号。
